Battra Après de divers rapports du Comic-Con de San Diego, Battra est confirmé dans le jeu, en forme de personnage non-jouable, comme un bonus pour lâcher des attaques aériennes sur d'autres joueurs, semblables au rôle de Mothra dans Godzilla: Destroy All Monsters Melee.
	Ebirah Servant de mini-boss dans un des niveaux bonus où Godzilla 2000 doit voyager au fond de l’océan et détruire un sous-marin. Ebirah est dont un personnage non-jouable.
	Millennian Dans le dernier des niveaux bonus, Godzilla 2000 affronte Orga dans le vaisseau mère. Il affronte Orga sous ses trois formes, c’est au début l’OVNI Millennian, puis cette version qui est nommé « Orga – Forme Tour », puis la version finale d’Orga.

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